第一次世界大戦前夜のイギリスの農村で、1頭の美しい馬が貧しい農家にひきとられる。この家の少年アルバート（ジェレミー・アーヴァイン）は、“ジョーイ”と名付けられたその馬とかけがえのない友情を結ぶ。しかし戦争が始まると、ジョーイは英国軍の軍馬として売られ、フランスの戦地に送られる。アルバートはジョーイを探すため、徴兵年齢に満たないにもかかわらず入隊し、最前線フランスに向かう。ジョーイは死と隣り合わせの過酷な日々のなか、軍馬を誰よりも大切にするイギリス人将校、ドイツ軍を脱走した少年兵の幼い兄弟、両親を失ったフランスの少女らと巡り合う。過酷な運命に立ち向かう人々との出会いと別れを繰り返しなら、やがてジョーイは彼らの希望となり、“奇跡の馬”と呼ばれる。