天保二年の冬、越前鯖江藩領内で奇怪な事件が起った。黒崎村の漁民が一人残らず姿を消してしまったのだ。領民たちは、この事件を“神隠し”と呼んで怖れた。三年後の江戸。浪人脇坂孫兵衛が、鯖江藩士の流一学らに急襲された。孫兵衛は、彼らが、次席家老六郷帯刀によって差向けられたことを知り愕然とした。その頃鯖江藩は、公儀より一万石を削減され、さらに享保以来の不況で、極度に疲弊していた。帯刀は、佐渡から産出した御用金を積んだ船が黒崎村沖で遭難した時、漁民たちが拾いあげた金を藩財政建てなおしのために横領し、その秘密を知る漁民をみな殺しにしていたのだった。帯刀の妹しのの夫である孫兵街が、妻と藩を捨てて出奔したのは、それから間もなくのことだった。帯刀は、その時竹馬の友孫兵衛に二度と“神隠し”を行なわぬと約束させられた。だが、藩政改革に自分の政治的生命を賭ける帯刀は、再度の計画を練っていた。孫兵衛は、帯刀への怒りをこめて鯖江に向ったが、その途中女賭博師おりはと知合った。おりはも“神隠し”の犠牲者だった。年季奉行が明けて村へ帰った時、許婚者も父親もなく、身を落した女だった。旅を続ける孫兵衛は、やがて、浪人藤巻左門と会った。その時、左門は孫兵衛につかず離れずの旅をしていた。一方、藩では、孫兵衛の行動を察知し、剣の木峠で彼を急襲させた。そして、死闘で傷ついた孫兵衛を救ったのは左門だった。やがて、帯刀に、金を積んだ御用船が佐渡を出帆したという報告が入った。そして、鮫ヶ淵村が“神隠し”の舞台に選ばれた。帯刀の片腕九内らに狩り出された鮫ヶ淵村の漁民たちは、御用船を湾の暗礁地帯に誘導すべく、偽りの篝り火台を新設していた。帯刀の野望と領民の悲劇を阻止するために孫兵衛が立ちあがり御用船難波の真相究明に幕府が送った公儀隠密の左門もまた孫兵衛とともに鯖江藩の剣客と対峙した。雪をついて二人の剣が次々と相手を倒し、やがて帯刀を倒し、“神隠し”の悲劇を未然に防いだ。