寛永十五年、徳川幕府のキリスト教弾圧に端を発した島原の乱は、天草四郎時貞を中心に、二万人近い信者が惨殺された。その夜、四郎の首は雷鳴とともに甦った。怨みをはらそうとする四郎は、やはり、生前に裏切られたり夢を果たせなかった人々を集めて、幕府に復讐を企てた。細川ガラシャ夫人、宮本武蔵、宝蔵院胤舜、伊賀の霧丸、柳生但馬守宗矩たちが集まった。頻繁に起る不思議な事件を、柳生十兵衛は魔界から甦った化者たちの仕業とつきとめた。ガラシャは四代将軍家綱に接近し、お玉の方に扮して大奥に入ることに成功する。家綱はお玉の方の体に溺れ、次第に狂気じみていった。霧丸は若い少女と恋仲になり、悪に徹しきれず、脱走を図った。しかし、四郎はそんな霧丸を斬り殺してしまう。危機の迫っていることを悟った十兵衛は、おつうを養女にして山中に暮す刀匠、村正に魔物を斬れる妖刀の製作を依頼する。十兵衛はおつうの前で武蔵を斬り倒した。一方、江戸城はお玉と家鋼の部屋から出火した火に包まれていた。燃えさかる炎の中で、十兵衛は父、但馬守を激戦の末、斬り倒し、そして天草四郎と向い合った。顔、体に魔よけの文字を書いた十兵衛は四郎の首をはねた。四郎は自分の首を脇にかかえ、人間のいるかぎり、復讐を続けると炎の中に消えていった。