1945年8月。疎開した皇后や皇太子たちと離れ、地下の待避壕での生活を送る昭和天皇（イッセー尾形）。御前会議で、陸軍大臣（六平直政）は本土決戦を提唱するが、天皇は明治天皇の歌を詠み、降伏する用意があることを示唆する。迷路のような待避壕の中で袋小路にあたりながら、研究室で平家カニの研究をするときだけ、天皇の心は安らぐ。想念は次第にこの戦争の原因へと移り、天皇は東京大空襲の悪夢を見る。夢の中でアメリカ軍のB29爆撃機は巨大な魚で、焼夷弾ではなく大量の小魚を産み落とし、東京を焦土にする。苦悶のうめき声をあげながら目を覚ます天皇は、皇太子宛ての手紙を書く。アルバムを取り出して自分と皇后（桃井かおり）の写真、皇后に抱かれた小さな皇太子に口付けする。そこへ動揺した侍従がやって来て、天皇は黒いフロックコートと黒い帽子に着替える。占領軍最高司令官であるダグラス・マッカーサー（ロバート・ドーソン）との会見が行われるのだ。悲惨な焼け野原、荒んだ人々の間を走り抜け、天皇を乗せた米軍の車はアメリカ大使公邸へ到着する。天皇はマッカーサーに、連合軍のどのような決定も受け入れる準備があると告げ、会見は短時間で終わった。マッカーサーからハーシーズのチョコレートを送られ、従軍カメラマンの写真撮影に応じ、「チャップリンそっくりだ」と大喜びするカメラマンの視線にさらされながら、撮影される天皇。マッカーサーとの二度目の会談はディナーをとりながら行われ、その晩、天皇はひとり思い悩む。疎開先から戻ってきた皇后に、天皇は「人間宣言」をすることを決意したと告げる。宣言の後、玉音放送を放送した人間が自害したと聞き、打ちひしがれる天皇。皇后はその手を握り、家族の待つ部屋へ天皇を連れて行く。