デジタルワールドの冒険から半年後、インターネット上に世界中のデジタル・データを食べ成長する凶悪なデジモン、クラモンが誕生した。少年・太一は、光子郎と共にクラモンを退治すべくアグモンとテントモンをネット世界に送り込むが、クラモンは驚くほどの早さで完全体・インフェルノモンに成長。ＮＴＴの電話回線を制圧し、太一たちがインターネットにアクセスできないようにしてしまう。そこで、太一たちはＮＴＴ回線を使わない衛星携帯電話でネットにアクセス。漸く連絡の取れたヤマトのガブモンもバトルに加わって、リベンジが開始された。ところが、太一がコンピュータをフリーズさせてしまった隙に、究極体ディアボロモンに成長した凶悪デジモンはアメリカ国防省のコンピュータに侵入すると、日本へ向けて核ミサイルを発射させてしまった。ミサイルが爆発するまで10分しかない。絶体絶命の太一。だがその時、奇跡が起こった。太一とヤマトがネット世界に入り込み、アグモンの究極体・ウォーグレイモンとガブモンの究極体・メタルガルルモンを合体させ、オメガモンを誕生させたのだ。激しいバトルの末、オメガモンはディアボロモンを退治することに成功。世界は凶悪デジモンの脅威から救われるのであった。