巨大な飛行船から追手を逃れて脱出してきたひとりの女性が、東京湾で屋形船の宴会に興じるふたば幼稚園の園児たちに助けを求めてきた。彼女は、世界の平和を守る秘密組織SML（正義の味方、ラブ）の隊員・お色気で、世界征服を企む悪の秘密結社ブタのヒヅメから極秘ディスクを盗み出してきたのである。しかし、ディスクを奪い返そうとするブタのヒヅメの執拗な追跡に、しんのすけを含む5人の園児は、お色気と共に彼らに連れ去られてしまうのだった。飛行船に乗せられたしんのすけたちは、お色気がディスクを入れたボックスの開け方を巡って、ブタのヒヅメの隊員・バレルたちと一悶着おこす。どうやらそのボックスは、下手に開けると爆発する仕組みになっているらしい。苛立つバレルたち。仕方なく彼らは、お色気やしんのすけたちをブタのヒヅメのボスであるマウスのいる本部基地へ連れて行くことにする。その頃、誘拐された息子の安否を気遣うみさえとひろしは、しんのすけの無事を知らせに来たSMLの隊員を名乗る筋肉という男について、しんのすけ奪還の旅に出発していた。ブタのヒヅメを追って香港、ヒマラヤへ赴くみさえたち。追いつ追われつ、接近しては離される追跡劇が展開される。一方、一度はお色気の機転で飛行船から脱出したしんのすけたちは、しかし本部基地で拷問を受けるお色気の元に舞い戻ってきてしまう。しんのすけたちを人質に取られ、お色気は仕方なくボックスからディスクを取り出すことに。そして、その中に収められている大袋博士が開発した史上最強のコンピューター・ウイルスが、世界のコンピューター・ネットワークに向けて発射準備に入った。ところが、そのコンピューター・ウイルスというのが、しんのすけの落書きしたぶりぶりざえもんとそっくりだったのである。それもその筈、大袋博士はかつて春日部市に住んでいて、偶然しんのすけが描いたぶりぶりざえもんを見ていたのだ。思わぬところでウイルスの生みの親と会うことが出来た大袋博士は、ぶりぶりざえもんを悪の道から救い出すチャンスをしんのすけにくれる。博士の手引きで電脳世界に潜り込んだしんのすけは、そこでぶりぶりざえもんを正義の道に導き、後から駆けつけてきたみさえたちと共に、見事マウスの陰謀を打ち砕くことに成功するのであった。その後、無事に日本に帰った野原家は、今回の事件でよりを戻すことになったお色気と筋肉の夫婦らとピクニックに出かける。