長野県・八ヶ岳連峰未宝岳。長野県警の大和敢助（声：高田裕司）が雪山で“ある男”を追っていた時、不意に何者かの影が敢助の視界に入る。気をとられた瞬間、“ある男”が放ったライフル弾が敢助の左眼をかすめ、大きな地響きとともに雪崩が発生。そのまま敢助を飲み込んでしまう……。10カ月後。国立天文台野辺山の施設研究員が何者かに襲われたという通報を受け、雪崩から奇跡的に生還した敢助と、敢助の幼馴染で同僚の上原由衣（声：小清水亜美）が現場へ駆けつけた。事情聴取のさなか天文台の巨大パラボラアンテナが動き出すと、負傷し隻眼となった敢助の左眼がなぜか激しく疼きだす。その夜、毛利探偵事務所に、小五郎（声：小山力也）の警視庁時代に仲の良い同僚だった“ワニ”と呼ばれる刑事から電話が入る。未宝岳で敢助が巻き込まれた雪崩事故を調査しており、事件ファイルに小五郎の名前があったという。後日会う約束を交わした小五郎にコナン（声：高山みなみ）も同行するが、待ち合わせ場所に向かっていた途中、突如銃声が響き渡る……。