CIA本部でサイバー捜査官として働いているチャーリー・ヘラー(ラミ・マレック)は内気な性格の愛妻家だった。ある日、ロンドン出張中の妻がテロ事件で命を奪われ、順調だった彼の平穏で幸せな人生は激変する。「妻を殺した奴を見つけて、自らの手で裁きを下す」とテロリストたちへの復讐を決意したチャーリーは、CIAの教官ヘンダーソン大佐(ローレンス・フィッシュバーン)に特殊スパイとしてのトレーニングを志願する。タフな特殊任務の経験はもちろん、暗殺経験も戦闘能力もないデスクワーカーのチャーリー。だが、チャーリーはCIAにすら予測不能な“彼ならではの方法”で、ヨーロッパ各地に潜むテロリストたちを追い詰めていく。しかし、その裏には驚くべき陰謀が隠されていた……。